Am 16. Dezember 1988 erfolgte eine Unterstellung und Eingliederung der Kampfschwimmerkompanie, gemeinsam mit der Strandmeisterkompanie, in das neu aufgestellte Seebataillon.
Am 1. April 1989 feierte die Kompanie ihr 25-jähriges Bestehen. Sechs Monate vor den Ereignissen, die zur Wende und schließlich zur deutschen Wiedervereinigung führten. In den 1980er Jahren wurde der Kampfschwimmerkompanie durch die strategische Marinekriegsführung ein klar umrissenes Auftragspaket übertragen.
Die Kampfschwimmerkompanie stellte Kräfte, die als „eigenständiges Seekriegsmittel“ im Verteidigungsfall einen deutlichen Beitrag zum Schutz der Flotte leisten sollten. Durch Bereitstellung entscheidungsrelevanter Aufklärungsergebnisse, teilweise weit hinter feindlichen Linien, sowie durch das Stören, Lähmen oder Ausschalten von Bedrohungen oder möglichen Bedrohungen für Kräfte der Flotte galt es zeitliche Freiräume für eigene Maßnahmen zu schaffen.
Die Kampfschwimmer dokumentierten ihre Vielseitigkeit und bewiesen, dass sie das geforderte Einsatzspektrum erfolgreich bewältigen konnten. Es konnten die Einsätze über und unter Wasser, im Strand- und Küstenbereich sowie tief im Landesinnern, einschließlich gebirgiger und unwirtlicher Regionen, sowie aus der Luft durchgeführt werden.
Die Beschaffung der dringend benötigten Ausrüstungen, wie Speedbooten und Spezialwaffen, führten zu einer deutlichen Leistungs- und Fähigkeitserweiterung und -verbesserung. Erstmalig waren alle Dienstposten der Kampfschwimmer in dieser Dekade besetzt. Die Kampfschwimmer konnten ihre Vielseitigkeit und ihr Fähigkeitsspektrum gezielt ausbauen. Combat Boarding auf Schiffe und Bohrinseln, besondere Berge- und Rettungsverfahren wurden geübt und der Einsatz in unterschiedlichen Klimazonen erfolgte durch die immer stärker werdende internationale Zusammenarbeit. Die Kampfschwimmer waren bereit auch für eine Zukunft, in deren Mittelpunkt die Krisen- und Konfliktbewältigung stehen sollte.