Am 1. Juli 1963 wurde der Kampfschwimmerzug als abgesetzter Zug unter seinem Zugführer OLt z S Bernd Kielow von Borkum nach Eckernförde Carlshöhe verlegt. Mit dem Aufstellungsbefehl Nummer 124 befahl der Inspekteur der Marine am 1. April 1964 den Aufbau zu einer selbstständigen Kompanie. Ihre Unterstellung wurde in diesem Befehl unter Punkt 3 folgendermaßen geregelt:
3. „Die Kampfschwimmerkompanie wird truppendienstlich und für den Einsatz dem Kommando der Amphibischen Streitkräfte unterstellt.“
Punkt vier beinhaltete die Aufgaben:
4.1 Hauptaufgaben
a.) Kampfschwimmereinsatz gegen Schiffe, Docks, Hafenanlagen, Schleusen, usw.
b.) Stranderkundung
c.) Besondere Einsätze
4.2 Nebenaufgaben
a.) Durchführung der Abschlussausbildung für den Kampfschwimmereinsatz
b.) Inübunghaltung der Kampfschwimmer, die in zulageberechtigten Stellen der Kampfschwimmerkompanie verwendet werden und der sonstigen Soldaten mit Kampfschwimmerausbildung, wenn diese zur Inübunghaltung durch die personal bearbeitenden Stellen verpflichtet sind.
Erster Kompaniechef wurde KptLt Günter Heyden. Die Kompanie war wie folgt gegliedert: eine Stabsgruppe, drei Kampfschwimmerzüge – ein schwerer Zug, ein leichter Zug und ein Stranderkundungszug.
Im entfernten Emden kam es am 1. Oktober 1969 zu einer Umstellung, die aber für die Kompanie ohne Auswirkungen war. Die „Amphibische Gruppe“ wurde in „Amphibische Transportgruppe“ umbenannt.
Die Ausbildung neuer Kampfschwimmer fand weiterhin bis 1967 unter KptLt Völsch statt. Die Hallenausbildung wurde in List/Sylt, die Freiwasserausbildung in Eckernförde und Olpenitz durchgeführt. Als externe Lehrgänge wurden der Einzelkämpferlehrgang, der Fallschirmspringerlehrgang sowie der Absetzerlehrgang an der Luftlande- und Lufttransportschule in Altenstadt besucht. Die Sprengausbildung erfolgte an der Marine Unterwasserwaffenschule. Zusätzliches Ausbildungspersonal wurde ständig von der aktiven Kompanie abgestellt, um auch so die Ausbildung an die spezifischen Anforderungen anzupassen. Eines der größten Probleme der damals jungen Kompanie war die Materialbeschaffung. So wurde zu Beginn das Sauerstoff-Kreislaufgerät Lt-Lund-II benutzt. Ein Gerät, das in wasserfestem Gewebe als Grundträger eingebaut war. Es erwies sich als zu verletzlich und wurde 1966 durch das lungenautomatische Regeneriergerät II (LAR II) – ein gekapseltes und vor der Brust getragenes Gerät des Herstellers Dräger – ersetzt. Ein Qualitätssprung, der andere internationale Einheiten ebenfalls zur Beschaffung animierte. Die Kompanie verbrachte viel Zeit mit dem Training und der Teilnahme an Übungen.
Eine bemerkenswerte Übung sei hier erwähnt: Unter dem Namen „HOP CROC“ (Hopping Crocodile) wurde im Übungsgebiet in der Nähe von Varrelbusch, unter staunenden Augen von Heeresoffizieren, eine triphibisch angelegte Operation durchgeführt. 30 Soldaten der Kompanie führten in einem Anflug einen Dämmerungssprung aus einer Noratlas aus, sickerten im Anschluss in Richtung Küste, um am dritten Tag der Übung die in Wilhelmshaven liegende Reserveflotte im Taucheinsatz anzugreifen. Ihr Erfolg blieb nicht unbemerkt. So wurden in den folgenden Jahren Angriffe auf verschiedene sicherheitsempfindliche Einrichtungen der Bundeswehr durchgeführt, die dadurch sensibilisiert wurden und daher ihre Abwehrmaßnahmen erhöhten.
In den Sechzigerjahren vollzog sich nicht nur in Europa ein militärischer Wandel. John F. Kennedy befahl die Neuausrichtung des U.S. Militärs. Im Zuge dessen wurden die U.S. Navy SEALs gegründet. SEAL ist das Kürzel für „Sea, Air, Land“. Es beschreibt, wie und wo die SEALs ihre operative Heimat finden sollten. Die Feuertaufe der SEALs, einer mit sehr viel Bedacht aufgebauten Einheit, sollte nicht lange auf sich warten lassen: der Vietnamkrieg.
Das Konzept der deutschen Kampfschwimmer war nun nicht mehr rein an einen Wasserauftrag gebunden. Vielmehr wurde das Element Wasser dazu genutzt, sich unbemerkt anzunähern, um anschließend Kampfaufträge an Land durchzuführen. Auch wurde das Element Luft einbezogen und Sprungverfahren entwickelt, die eine sichere Verbringung ermöglichten. Der Kampfschwimmer wurde zu einer „Triphibie“ und ist bis heute der Soldat mit dem breitesten Ausbildungsspektrum innerhalb der Kampfeinheiten der Bundeswehr. Mit diesem Konzept bildeten die Kampfschwimmer, bereits – anfangs der 1970er Jahre – die Grundbefähigungen für eine spätere Zuordnung zu den Spezialkräften ab.